Trasa plánované D55 se bude muset vypořádat s průchodem ptačí oblasti Bzenecká Doubrava-Strážnické Pomoraví, která patří do soustavy NATURA 2000. Konkrétně se tato záležitost týká 3,2 km dlouhého úseku D55 5510 Bzenec – Bzenec-Přívoz, z níž bude zakrytá část (galerie) měřit cca 1950 m. Úsek bezprostředně navazuje na již budovanou část mezi Moravským Pískem a Bzencem. ŘSD letos uzavřelo smlouvy na projektanty pro zpracování dokumentace pro společné povolení (DUSP), a to u úseků mezi zmíněným Bzencem a Bzencem-přívozem a pak též mezi Bzencem-přívozem a Rohatcem. Úsek povede nenáročným lesnatým terénem Dolnomoravského úvalu. V lese trasu D55 Bzenec – Bzenec-Přívoz překříží přeložka lesní cesty a ekodukt. Součástí stavby je např. i výstavba protihlukové stěny na estakádě přes potok Syrovinka, která bude vysoká čtyři metry a ochrání obyvatele Bzence před hlukem z dálnice.
Ještě delší galerie bude součástí stavby mezi Bzencem-přívozem a Rohatcem. Zastřešená část bude dlouhá cca 9,5 km z celkových cca 10,7 km. Vznikne zde devět mostů i dvě mimoúrovňové křižovatky u Rohatce a Bzence-přívozu.